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Indemnités journalières : qui verse quoi pendant un arrêt maladie ?
Pendant un arrêt maladie, deux acteurs peuvent vous verser de l’argent, chacun selon ses propres règles : la CPAM d’un côté, l’employeur de l’autre. Voici comment s’articule chaque versement.
Les indemnités journalières de la Sécurité sociale
Après un délai de carence de 3 jours, la CPAM verse des indemnités journalières aux salariés en arrêt de travail sous conditions :
- Pour un arrêt de moins de 6 mois : avoir travaillé au moins 150 h au cours des 3 mois civils ou des 90 jours précédant l’arrêt ou avoir cotisé sur au moins 1 015 fois le SMIC horaire au cours des 6 derniers mois civils.
- Pour un arrêt de plus de 6 mois : être affilié(e) à la Sécurité sociale depuis au moins 12 mois et avoir travaillé au moins 600 h ou cotisé sur au moins 2 030 fois le SMIC horaire au cours des 12 derniers mois civils.
- Dans tous les cas : avoir envoyé votre arrêt de travail à la CPAM dans les 48 h.
Le montant de ces IJSS représente 50 % du salaire journalier de base, plafonné à 42,97 € brut par jour pour les arrêts débutant à partir du 1er juillet 2026 (voir le calcul des indemnités journalières).
Bon à savoir : ces règles ne concernent que l’arrêt maladie d’origine non professionnelle. En cas d’accident du travail ou de maladie professionnelle, la carence et le calcul des IJSS sont différents (voir la différence entre arrêt maladie et accident du travail).
Le complément de salaire dû par l’employeur
En plus des indemnités de la CPAM, vous pouvez recevoir un complément de salaire versé par votre employeur.
Vous devez remplir toutes ces conditions :
- avoir au moins 1 an d’ancienneté dans l’entreprise ;
- avoir envoyé votre arrêt de travail à l’employeur dans les 48 heures ;
- percevoir les indemnités journalières de la Sécurité sociale ;
- être soigné en France (ou dans un autre pays de l’Union européenne ou de l’EEE — Espace économique européen).
Ce complément, prévu par l’article L1226-1 du Code du travail, est dû à partir du 8e jour d’arrêt (contre le 4e jour d’arrêt pour les IJSS de la CPAM). Il vous garantit 90 % de votre salaire brut pendant 30 jours, puis les deux tiers pendant les 30 jours suivants (en incluant les indemnités de la CPAM). Ces durées augmentent de 10 jours par tranche de 5 ans d’ancienneté supplémentaire, dans la limite de 90 jours pour chaque taux. Les salariés à domicile, saisonniers, intermittents et temporaires sont exclus de ce complément légal (les intérimaires relèvent d’un régime de prévoyance spécifique).
Bon à savoir : selon votre convention collective, vous pouvez bénéficier d’avantages précieux comme un délai de carence supprimé, le maintien de la rémunération à 100 % ou encore une durée plus longue. Dans le Bas-Rhin, le Haut-Rhin et la Moselle, un régime local de maintien de salaire s’applique, avec des règles différentes (notamment sans condition d’ancienneté).
La subrogation : quand l’employeur perçoit les indemnités à votre place
C’est un cas de figure un peu spécifique : l’employeur reçoit de la CPAM vos indemnités journalières en votre nom (à condition de maintenir votre salaire au moins à hauteur de ces indemnités, selon l’article R323-11 du Code de la Sécurité sociale) et vous verse l’ensemble IJSS + complément de salaire en un seul virement. Avec la subrogation, vous ne touchez rien de la part de la CPAM sur votre compte bancaire.
Bon à savoir : sur votre fiche de paie, vous pouvez repérer ce mécanisme à 3 lignes : retenue pour absence maladie, indemnités journalières reversées par l’employeur et complément de salaire.
IJ non versées : les situations de non-paiement les plus fréquentes
Quand rien n’arrive sur votre compte, la cause vient souvent d’un blocage administratif plutôt que d’un refus volontaire. Voici les trois situations que l’on rencontre le plus.
L’attestation de salaire n’a pas été transmise à la CPAM
C’est l’une des causes les plus fréquentes. Pour calculer vos IJSS, la CPAM a besoin de vos derniers salaires (puisque vos indemnités sont calculées sur leur montant), et c’est à l’employeur de transmettre une attestation de salaire (via la DSN, la déclaration sociale nominative). Tant que ce signalement n’est pas fait, l’Assurance maladie ne peut rien vous payer.
Si votre compte Ameli n’affiche aucun paiement plusieurs semaines après l’envoi de votre arrêt maladie (voir le délai de paiement des indemnités journalières), demandez à votre employeur à quelle date le signalement dans la DSN a été fait.
L’employeur perçoit les indemnités en subrogation sans les reverser
Sur votre relevé Ameli, la CPAM indique que des paiements ont été effectués à l’employeur. C’est donc que la subrogation a été mise en place. Si du côté de votre fiche de paie, il y a juste une ligne « Retenue pour absence », mais aucune ligne « Indemnités journalières reversées par l’employeur » (ou une ligne avec un montant inférieur à ce qui est noté sur le relevé Ameli), c’est qu’il y a un problème avec votre employeur. Rappelez-vous que l’employeur doit vous reverser au minimum la totalité des indemnités journalières qu’il a perçues : si elles dépassent le salaire qu’il vous a versé, il doit vous reverser la différence.
Le complément de salaire n’apparaît pas sur la fiche de paie
Vous recevez bien les indemnités journalières de la CPAM, mais pas le complément de l’employeur. Dans ce cas-là, vérifiez que vous remplissez bien les 4 conditions vues précédemment et consultez votre convention collective.
Indemnités journalières non versées par l’employeur : les cas où c’est légal
Tout défaut de versement n’est pas forcément une faute : dans certains cas, votre employeur est en droit de ne rien vous verser. Voici les trois situations concernées.
Les conditions du complément de salaire ne sont pas remplies
Votre employeur n’a pas à vous verser un complément de salaire si vous avez moins d’un an d’ancienneté ou si vous ne respectez pas les critères. N’oubliez pas non plus le délai de carence ! Pendant les 7 premiers jours d’arrêt, il n’y a pas de complément de salaire de la part de l’employeur (sauf convention collective plus favorable).
La contre-visite médicale conclut à un arrêt injustifié
Votre employeur a tout à fait le droit d’envoyer un médecin vérifier le bien-fondé de votre arrêt maladie. Il peut ensuite suspendre le complément de salaire dans deux cas :
- Le médecin estime l’arrêt de travail injustifié.
- Le contrôle est impossible par votre faute (= absence du domicile en dehors des heures de sortie autorisées, adresse de repos erronée, etc.).
À l’issue de sa mission, le médecin informe l’employeur de sa conclusion, et ce dernier doit vous la transmettre sans délai (article R1226-12 du Code du travail). Pour connaître vos droits et vos obligations en cas de contrôle, consultez notre dossier sur le contrôle d’un arrêt maladie.
Bon à savoir : ces deux situations peuvent également entraîner la suspension des IJSS par la CPAM.
La fraude avérée signalée par l’Assurance maladie
Depuis la loi n° 2026-534 du 25 juin 2026 relative à la lutte contre les fraudes sociales et fiscales, la CPAM informe désormais l’employeur en cas de fraude à l’arrêt maladie. L’organisme transmet les preuves et l’employeur peut alors interrompre le versement du complément de salaire.
Bon à savoir : l’employeur ne peut suspendre le complément de salaire pour fraude que si l’Assurance maladie la lui a signalée. S’il a un doute sur la véracité de votre arrêt de travail, il peut organiser une contre-visite médicale par un médecin qu’il mandate.
Comment obtenir le paiement des IJ : les démarches à faire
Pour récupérer les sommes dues, mieux vaut procéder par étapes, de la démarche amiable vers la voie judiciaire. Voici la marche à suivre.
Faire le point avec ses fiches de paie et son compte Ameli
En premier lieu, comparez 3 documents :
- votre arrêt de travail ;
- vos fiches de paie (sur la période de l’arrêt maladie) ;
- votre relevé d’indemnités Ameli.
En vous appuyant sur le relevé, vous saurez, jour après jour, si la CPAM vous a payé directement ou si elle a mis en place la subrogation avec votre employeur… et, par extension, qui a encore en sa possession les sommes manquantes !
Relancer l’employeur, puis le mettre en demeure
Si c’est bien l’employeur qui vous doit de l’argent, commencez par une demande écrite au service paie ou RH. Une erreur ou un oubli est toujours possible et relativement fréquent. Si votre courrier ou mail reste sans réponse pendant 2 semaines, envoyez une mise en demeure par lettre recommandée avec accusé de réception. Vous trouverez un modèle juste après ! Pour aller plus loin sur vos droits en cas de paie qui tarde, consultez notre article sur le retard de paiement de salaire.
Modèle de lettre de mise en demeure pour indemnités journalières non payées par l’employeur
Alerter la CPAM en cas d’attestation non transmise par l’employeur
Si le souci vient d’une attestation de salaire non transmise, adaptez le modèle de lettre ci-dessus en exigeant le signalement de votre arrêt dans la DSN sous 8 jours. Vous pouvez également contacter votre CPAM par la messagerie de votre compte Ameli ou par téléphone pour les en informer. La caisse pourra le relancer directement.
Saisir l’inspection du travail
L’inspection du travail peut rappeler à l’employeur ses obligations, mais c’est à peu près tout. Et pour cause, elle ne peut pas le contraindre à vous payer : c’est un pouvoir dont seul le juge jouit.
Demander un référé-provision ou saisir le conseil de prud’hommes
L’étape suivante est celle des actions en justice.
Pour une somme dont le montant ne fait pas débat (typiquement des IJSS perçues en subrogation et jamais reversées), vous pouvez demander un référé-provision. Cette procédure d’urgence vous permettra de recevoir une avance ou la totalité de ce qui vous est dû.
Sinon, il ne vous reste qu’une seule solution : engager une procédure devant le conseil de prud’hommes.
Souci de versement IJ de l’employeur : la FAQ
Voici les réponses aux questions les plus fréquentes sur les indemnités journalières non versées par l’employeur.
Que risque l’employeur s’il ne verse pas les indemnités journalières dues ?
Votre employeur peut être condamné au versement d’intérêts de retard (au taux légal, selon l’article 1231-6 du Code civil), en plus des sommes dues, à partir de la date de réception de la mise en demeure de payer. En outre, si son retard vous a causé un préjudice important (= frais bancaires, loyer ou mensualité de crédit impayé, etc.), le juge peut lui imposer des dommages et intérêts. Enfin, vous pouvez demander au conseil de prud’hommes de rompre le contrat de travail aux torts de l’employeur (résiliation judiciaire, ou prise d’acte, une voie plus risquée). Si le juge vous donne raison, la rupture produit les effets d’un licenciement sans cause réelle et sérieuse.
Quand la CPAM verse-t-elle les premières indemnités journalières ?
Après 3 jours de carence, la CPAM verse les indemnités journalières tous les 14 jours. Le premier versement n’intervient toutefois qu’une fois l’arrêt et l’attestation de salaire de l’employeur traités, ce qui prend plus ou moins de temps selon les caisses. Suivez vos paiements dans la rubrique « Mes paiements » de votre compte Ameli.
Que se passe-t-il pour mes IJ si mon employeur est en redressement ou en liquidation judiciaire ?
Les sommes dues sont garanties par l’AGS, le régime de garantie des salaires. Cet organisme avance les fonds dans la limite d’un plafond. Signalez-lui rapidement les indemnités journalières et compléments de salaire non versés, fiches de paie et relevé Ameli à l’appui.
Mes IJ continuent-elles si mon contrat de travail prend fin pendant l’arrêt ?
Oui, mais uniquement pour les indemnités de la CPAM. Celles-ci continuent à être versées tant que vous êtes en arrêt, quelle que soit la cause de la rupture du contrat (licenciement pendant un arrêt maladie, démission, fin de période d’essai…). En revanche, le complément de salaire s’arrête en principe à la date de fin de votre contrat de travail.
L’employeur peut-il retenir sur mon salaire des indemnités versées en trop ?
C’est possible dans le cas où il a avancé des indemnités en subrogation et que la CPAM lui a finalement versé moins. Pour récupérer le trop-perçu, une retenue sur salaire est légale (mais limitée par la loi). Exigez un décompte écrit de l’indu pour justifier cette retenue. Pour en savoir plus, consultez notre article sur le trop-perçu de salaire.
De combien de temps dispose-t-on pour réclamer des sommes impayées à son employeur ?
Pour obtenir le paiement d’une somme due par l’employeur, comme un salaire non versé, le délai pour saisir le conseil de prud’hommes est en principe de 3 ans, à compter de la date à laquelle la somme aurait dû être payée. Mieux vaut toutefois agir vite : fiches de paie et relevés Ameli seront plus faciles à réunir.
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Rédactrice web SEO certifiée et freelance depuis 2017, j’écris pour Aide-Sociale.fr depuis 2019. Diplômée d’un BTS Communication et formée aux spécificités de la rédaction web et du SEO, j’ai rédigé plus de 314 articles avec un objectif constant : vulgariser le “langage CAF” et rendre les démarches administratives accessibles à tous. Mon crédo : des contenus sourcés, précis et sans fake news !
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