Prolongation d’arrêt maladie : carence, indemnisation et règles à connaître
SOMMAIRE
1. Qu’est-ce qu’une prolongation d’arrêt maladie ?
Une prolongation d’arrêt maladie est un nouvel avis d’arrêt de travail prescrit avant ou à l’échéance de l’arrêt initial si votre état de santé ne permet pas encore la reprise de l’activité professionnelle.
Trois situations sont possibles, mais elles n’ouvrent pas les mêmes droits :
- La prolongation : elle prolonge un arrêt en cours, sans interruption ou avec une reprise de moins de 48 h, pour la même cause. C’est l’objet de cet article.
- Le nouvel arrêt initial : il concerne une autre pathologie et déclenche un délai de carence. Par exemple : si vous aviez consulté pour une grippe la première fois et avez ensuite enchaîné avec une angine.
- La rechute : c’est la réapparition ou l’aggravation d’une affection après une reprise du travail de plus de 48 h.
Bon à savoir : la date de début de la prolongation correspond à la date de la consultation. Un professionnel de santé n’a pas le droit d’antidater un AAT (Avis d’arrêt de travail).
2. Qui peut prolonger un arrêt de travail ?
C’est l’une des règles les plus mal connues de la prolongation d’arrêt maladie… et celle qui peut vous coûter cher en cas d’erreur ! La prolongation doit obligatoirement être prescrite par le médecin qui a fait l’arrêt initial ou par votre médecin traitant.
L’Assurance maladie a prévu 3 exceptions à cette règle :
- La prolongation peut être prescrite par le médecin remplaçant du médecin prescripteur de l’arrêt initial (typiquement, si votre médecin traitant est absent).
- La prolongation peut être prescrite par un médecin spécialiste consulté à la demande du médecin traitant (par exemple : si votre médecin traitant vous renvoie vers un psychiatre pour une dépression).
- La prolongation peut être prescrite lors d’une hospitalisation.
En dehors de ces cas de figure, si votre prolongation d’arrêt est réalisée par un autre médecin, vous devez justifier auprès de votre CPAM que le professionnel de santé initial n’était pas en mesure d’assurer cette prescription. Et c’est au médecin qui prolonge d’en indiquer la raison directement sur l’avis d’arrêt de travail. Dans le cas contraire, la Sécurité sociale peut refuser de vous verser vos indemnités journalières.
3. Quand et comment envoyer une prolongation d’arrêt maladie ?
Comme pour l’arrêt initial, vous avez 48 heures pour transmettre votre prolongation d’arrêt de travail à :
- votre CPAM (volets 1 et 2) en ligne via votre Compte Ameli ou par courrier ;
- votre employeur (volet 3) par courrier, mail ou remise en main propre.
Un premier retard d’envoi n’entraîne généralement qu’un simple décalage de versement de vos IJSS.
En revanche, en cas de récidive dans les 24 mois, l’article D323-2 du Code de la sécurité sociale prévoit une réduction de 50 % du montant des IJSS pour la période de retard, sauf en cas d’hospitalisation ou d’impossibilité justifiée.
Enfin, un envoi très tardif (notamment après la date de fin de l’arrêt) peut entraîner un refus pur et simple d’indemnisation sur toute la période non contrôlée par la CPAM (cf. article R323-12 du Code de la sécurité sociale).
4. Y a-t-il un délai de carence en cas de prolongation ?
Non, le délai de carence CPAM de 3 jours pour les salariés et de 1 jour pour les fonctionnaires ne s’applique pas à une prolongation qui suit immédiatement l’arrêt précédent. Votre indemnisation par la Sécurité sociale se poursuit sans coupure.
Bon à savoir : en cas de reprise du travail très courte entre les deux arrêts (48 h max), la CPAM n’applique aucun délai de carence. En revanche, au-delà de ces 48 heures, le nouvel AAT ne sera pas traité comme une prolongation, mais comme un arrêt initial avec un nouveau délai de carence. Exception faite en cas d’ALD (affection longue durée) où le délai de carence n’est retenu qu’une seule fois, lors du premier arrêt en lien avec ladite ALD sur une période de 3 ans.
5. Quel est le salaire pendant un arrêt maladie prolongé ?
Pendant votre prolongation, vous êtes indemnisé selon les mêmes modalités que durant votre arrêt initial : votre indemnité journalière correspond à 50 % de votre salaire journalier de base, plafonnée à 41,95 € brut par jour à compter de février 2026.
Cependant, il existe une durée maximale d’indemnisation qui dépend de la nature de votre pathologie :
- Hors ALD : vous pouvez recevoir 360 jours d’IJSS sur une période de 3 ans glissante maximum (tous arrêts confondus).
- En ALD : vous pouvez percevoir vos IJSS pendant 3 ans de date à date, sans plafond de 360 jours.
Si vos droits sont épuisés mais que votre état de santé ne vous permet pas de reprendre le travail, vous pouvez basculer vers une pension d’invalidité sous certaines conditions. Une prolongation longue peut également avoir un impact sur vos droits à la retraite (validation de trimestres, points Agirc-Arrco, temps partiel thérapeutique) : consultez notre article dédié à l’arrêt maladie et la retraite pour le détail.
Concernant le maintien de salaire par l’employeur, en cas de prolongation, ce maintien se poursuit sans nouveau délai de carence de 7 jours. Le montant perçu s’ajoute aux IJSS pour vous faire atteindre :
- 90 % du salaire brut pour une première période de 30 à 90 jours selon l’ancienneté ;
- 66,66 % du salaire brut pour une seconde période dont la durée est identique à la première.
Bon à savoir : certains accords d’entreprise ou conventions collectives prévoient des modalités plus avantageuses (jusqu’à 100 % du salaire par exemple).
6. Combien de prolongations maximum ?
Il n’existe pas de limite au nombre de prolongations d’arrêt maladie possibles. En revanche, ce qui est plafonné, c’est le versement des indemnités journalières par la Sécurité sociale.
Bon à savoir : si vous vous rapprochez de la durée maximale d’indemnisation de la CPAM, n’hésitez pas à mobiliser certains dispositifs pour préparer plus sereinement votre retour à l’emploi comme le temps partiel thérapeutique, le rendez-vous de liaison ou encore la visite de pré-reprise avec le médecin du travail.
7. Quand la Sécurité sociale contrôle-t-elle un arrêt maladie ?
Plus les prolongations s’accumulent, plus vous êtes susceptible d’être contrôlé par la CPAM.
Deux types de contrôles sont possibles :
- Le contrôle médical de l’Assurance maladie : le médecin-conseil vous convoque pour s’assurer que la prolongation est médicalement justifiée.
- La contre-visite médicale à la demande de l’employeur : c’est surtout le cas lorsqu’il verse un maintien de salaire.
Bon à savoir : l’organisme examine systématiquement les prolongations réalisées par un médecin autre que le praticien habituel ou le prescripteur initial.
Pendant toute la durée de votre arrêt, y compris en prolongation, vous devez toujours respecter les heures de sortie autorisées. Un manquement à cette obligation ou un refus de vous soumettre à un contrôle médical peut entraîner la suspension de vos IJSS.
8. Comment se passe la reprise du travail après une prolongation ?
À l’issue de votre prolongation, une visite de reprise auprès du médecin du travail sera organisée. Elle permet de vérifier que vous pouvez retrouver votre poste et vos missions, et peut anticiper d’éventuels aménagements.
Bon à savoir : la visite de reprise est obligatoire pour les arrêts maladie de plus de 60 jours.
Si vous souhaitez reprendre le travail avant la date de fin de votre prolongation (avec l’accord du médecin prescripteur et de votre employeur), c’est possible, mais vous devez avertir la CPAM dans les 5 jours.
9. Ce qui change avec la réforme 2026
L’article 81 de la Loi de financement de la Sécurité sociale (LFSS 2026) instaure des plafonds de durée aux arrêts de travail à partir du 1er septembre 2026 :
- Pour un AAT initial : 1 mois maximum ;
- Pour une prolongation d’arrêt maladie : 2 mois maximum par renouvellement.
La réforme des arrêts maladie prévoit des dérogations à ces plafonds lorsque l’état de santé du patient le justifie.
Questions fréquentes sur la prolongation d’arrêt maladie
Voici les questions les plus posées sur la prolongation d’un arrêt maladie.
Peut-on prolonger un arrêt après sa date de fin ?
Oui, mais cela aura des conséquences. Un professionnel de santé ne peut pas légalement antidater un arrêt. La prolongation commence donc à la date de la consultation. Si celle-ci a lieu après la date de fin de l’arrêt initial, vous risquez une rupture d’indemnisation sur la période non couverte.
Que faire si mon médecin traitant est absent ?
Vous pouvez consulter le remplaçant de votre médecin traitant : il a le droit de vous prolonger. Si vous n’avez pas d’autre choix que de consulter un autre médecin, la prolongation reste possible à condition d’indiquer le motif sur l’AAT et de pouvoir justifier cette impossibilité auprès de la CPAM.
Est-il possible de prolonger un arrêt maladie en visio ?
Oui, vous pouvez être prolongé par téléconsultation. Cependant, si la téléconsultation n’est pas réalisée par votre médecin traitant ou votre sage-femme référente, sa durée est très limitée : 3 jours maximum.
Que faire en cas de refus de prolongation par le médecin ?
Le professionnel de santé a tout à fait le droit de refuser la prescription d’une prolongation s’il estime que votre état de santé vous permet de reprendre le travail. Dans ce cas, la seule solution est de demander un second avis auprès d’un autre praticien.
D’autres articles peuvent vous intéresser :
Crédit photo : © HJBC / Adobe
Rédactrice web SEO certifiée et freelance depuis 2017, j’écris pour Aide-Sociale.fr depuis 2019. Diplômée d’un BTS Communication et formée aux spécificités de la rédaction web et du SEO, j’ai rédigé plus de 314 articles avec un objectif constant : vulgariser le “langage CAF” et rendre les démarches administratives accessibles à tous. Mon crédo : des contenus sourcés, précis et sans fake news !
Vous voulez partager votre expérience ?
